Covid-19 : Les Cas Confirmés, c’est quoi ?
Il y a d’importants doutes entre le nombre publié de résultats confirmés de positivité du Sars-CoV-2 suite aux tests réalisés en laboratoire et le nombre effectif de personnes réellement porteuses du Sars-CoV-2. Ces chiffres sont diffusés sans que l’on aille à la recherche de données sous-jacentes.
Sur une des chaînes du service public de télévision, il y a quelques semaines, un spécialiste des maladies virales d’un grand hôpital public parisien déclarait :
« Les tests PCR permettent de retrouver l’ADN du coronavirus dans le test prélevé dans le nez pour le covid »
Ceci est une suite d’affirmations erronées qui montre à quel point il est nécessaire de faire preuve d’exactitude lors de déclarations susceptibles d’être répétées à l’infini. C’est là l’un des défauts de ces émissions de télévision à large diffusion car une notion erronée est utilisée par des dizaines de milliers de personnes et devient une vérité.
Décomposons cette déclaration :
1- Cette méthode de biologie moléculaire permet de détecter la présence du Sars-CoV-2 dans un échantillon et elle pourrait s’appeler PCR si ce n’est que la méthode utilisée pour détecter le génome viral de la Covid-19 s’appelle RT-PCR. Il ne faut surtout pas se tromper au moment de faire le test !
2- Il n’y a pas d’ADN dans un virion de Sars-CoV-2, seulement de l’ARN et c’est pour cette raison que l’on ne peut pas amplifier les séquences de trois gènes du génome du virus par la technique de PCR qui n’est possible que pour de l’ADN.
3- Non le Coronavirux n’est pas UN virus. Si l’on pose la question : la chèvre est-elle un bovidé ? La réponse la plus fréquente est : non. Et pourtant c’est vrai, même si bovidé fait penser à bœuf. L’erreur provient de la confusion entre bovidé et boviné.
Les bovidés = famille de mammifères ruminants qui va de l’impala à l’antilope en passant par la vache, le zébu, la chèvre et le mouton etc…
Les bovinés = genre auquel appartiennent la vache, le taureau, la génisse, le veau et le beau-frère, le bœuf.
Ainsi sont les classifications dans lesquelles il ne faut pas confondre les familles, sous-familles, les genres et sous-genres etc…
Il en va de même pour le monde de l’infiniment petit où les virus appartiennent à un ordre et les coronavirus sont une famille de virus parmi la multitude d’autres virus. Cette famille (Coronaviridés) contient une quarantaine d’espèces différentes classées en sous-familles, genres et sous-genres. Les coronavirus infectent un grand nomnbre d’animaux (de la chauve-souris au porc en passant par le beluga, les oiseaux, les chiens et les chats) mais il existe aussi les coronavirus humains à infections bénignes : NL63, HKU1, 229E, OC43 à l’origine d’un cinquième environ des rhumes d’hiver ainsi que les coronavirus humains à infections graves (léthales) : SARS-CoV 2002-2004 (774 morts), MERS-CoV (449 morts) et SARS-CoV-2 agent pathogène de la Covid-19.
Il est donc incorrect de parler de pandémie de coronavirus ce qui tendrait à dire qu’une quarantaine de virus différents monte à l’assaut de l’humanité. Il est plus simple de dire Sars-CoV-2 et là nous nous comprenons.
4- Ce ne sont pas des tests qui sont prélevés mais des échantillons destinés à être analysés dans un laboratoire. Le prélèvement ne s’effectue pas dans le nez mais dans les fosses nasales qui se trouvent à l’arrière du nez et que l’on atteint en passant par le nez.
5- Le mot covid n’existe pas même si il est fréquemment utilisé et martelé par les médias dans le sens de virus. Le Sars-CoV-2 est l’agent pathogène d’une maladie appelée la Covid-19. Covid pourrait être le nom de la maladie du Sars-CoV des années 2003-2005 mais, à l’époque, on avez préféré le SARS (ou SRAS en français).
Cette analyse de texte nous a permis de faire une révision du vocabulaire employé pour s’exprimer au sujet de la pandémie.
Et maintenant entrons dans le vif du sujet : le résultat positif à un test de recherche du Sars-CoV-2 chez un individu.
Tout repose, dans cet article, sur ce que l’on entend par test positif.
Le test RT-PCR recherche dans un échantillon la présence de l’ARN du Sars-CoV-2 mais « un résultat positif ne permet pas de préciser si le virus est infectant ou pas » (AP-HP 06 mai 2020 – Place des tests sérologiques par rapport à la PCR). En d’autres mots, le résultat du test RT-PCR, lorsqu’il est positif, ne peut préciser si le brin d’ARN, sur lequel il a trouvé trois gènes compatibles avec le SARS-CoV-2, provient d’un virion Sars-CoV-2 en bon état de marche que la seconde étape du processus a démonté ou qu’il était déjà libre lors du prélèvement de l’échantillon. L’exemple qui suit démontre comment on transforme un patient non infecté, en bonne santé, en « cas asymptomatique » :
Une personne sort de son domicile, elle est en bonne santé et non infectée mais elle se rend dans un point de prélèvement pour que soit effectué un test RT-PCR pour une recherche d’une éventuelle infection par le Sars-CoV-2. Elle y va à pied et en transport(s) en commun. En cours de route, elle pose ses main sur des portes d’ascenseur et d’immeubles, des rambardes, des poignées de bus, des barres, des dossiers de sièges… Elle arrive sur le lieu de prélèvement, elle est sollicitée pour s’enduire les mains d’un gel hydroalcoolique. La personne que nous suivons secoue ses mains pour les sécher (les petites marionnettes) ; elle va s’assoir pour attendre son tour.
Son nez la gratte, elle soulève son masque et se gratte le nez avec énergie. Quelques instants après, elle renifle bruyamment.
Son tour arrive et le prélèvement a lieu. Quarante-huit heures plus tard, le résultat lui est communiqué, positif !
Toute personne qui se reconnaîtrait ferait mieux de se rincer les mains sous un robinet !
La partie la plus fragile des Coronaviridés est l’enveloppe extérieure (oui, celle avec les pointes qui a donné son nom aux virus de cette famille). Sous l’action de l’alcool, cette enveloppe se déchire et libère son contenu, la capside (grossièrement, vous imaginez un abricot, la chair que vous croquez correspond à l’enveloppe, le noyau sur lequel vous vous cassez les dents est la capside et l’amende correspond au génôme du virus, dans le cas du Sars-CoV-2 c’est de l’ARN). La capside est coriace et ne se détruit pas facilement et, une fois séchée, elle circule comme le ferait un grain de pollen (si ce n’est qu’elle est beaucoup plus petite).
La capside À la maison vous la trouverez sur votre tapis, dans la fourrure de votre chien ou de votre chat et, pendant que votre thé refroidi, dans votre tasse. Dehors, vous la respirerez ; dans les transports en commun, elle se posera sur vos cheveux. (D’accord, je peux encore faire plus long comme ça.) Mais ne prenez pas cette énumération comme une tentative de vous faire peur : la capside et son contenu sont totalement inoffensifs.
Quant au brin d’ARN, comme l’ADN, sa longévité à l’air libre, dans des conditions normales de température et d’humidité, est discutable. Sa destruction pourrait néanmoins être assez longue par brisures successives des gènes ; mais tant que les trois gènes repères de l’ARN du Sars-CoV-2 sont réunis, la positivité du test RT-PCR reste possible.
L’ARN à l’abri dans sa capside, il peut subsister des dizaines d’années si il ne rencontre pas sur sa route une substance capable de détruire les nombreuses unités protéiques qui forment les capsomères.
En feuilletant la documentation des tests RT-PCR et des équipements afférents, nous notons, au passage, une observation concernant les faux positifs. Les résultats des tests RT-PCR sont perturbés si l’échantillon contient une trop grande quantité d’ADN. Bien entendu, c’est de l’ARN que le test recherche mais le RT dans RT-PCR signifie Reverse Transcriptase (Transcription inverse), l’ARN est tout d’abord rétrotranscrit en utilisant une transcriptase inverse, une enzyme, qui synthétise un ADN complémentaire et il semble qu’une trop grande pollution par d’autres ADN dénature le résultat (« L’une des difficultés de cette méthode concerne la préparation des ARN qui peuvent être très facilement dégradés et contaminés par de l’ADN génomique… La contamination des échantillons par de l’ADN génomique est une des principales difficulté de cette technique… En effet, l’ADN génomique peut entrer en compétition avec l’ADNc lors de l’étape d’hybridation des amorces. ») Ce risque d’échec est tel que les fournisseurs de réactifs précisent : (« Set up all reaction mixtures in an area separate from that used for DNA preparation ») Et dans les applications qui programment les équipements de test, il n’y a que deux réponses, positif ou négatif, il n’y a pas de réponse merdique. Et comme je connais les programmeurs (depuis plusieurs dizaines d’années) la réponse choisie dans ce cas sera « positif », la réponse de plus haute sécurité.
La provenance de cet ADN non désiré est liée par la technique utilisée pour enduire l’écouvillon pendant la phase de prélèvement. Normalement, le technicien (cela va du médecin et de l’infirmier expérimentés au secouriste formé sur le tas ; un arrêté publié le 24 juillet 2020 au Journal officiel prévoit également que les prélèvements puissent être pratiqués sous certaines conditions par un infirmier diplômé d’État, un aide-soignant, un étudiant en médecine, un sapeur-pompier ou encore un secouriste) le technicien, donc, effectuant le prélèvement doit faire pivoter l’écouvillon sur lui-même sans le déplacer à l’intérieur de la fosse nasale. De nombreux éléments vidéos capturés lors de reportages montrent que l’écouvillon est remué en cours de prélèvement (« on appelle cela touiller le fond de la marmite ») ; ce mouvement frotte sur la muqueuse de la fosse nasale :
https://www.youtube.com/watch?v=CJIN7ROk0b8 à 3:45 la bonne méthode
https://www.youtube.com/watch?v=KL-HpGNsNcg à 0:30 la mauvaise méthode
https://www.youtube.com/watch?v=2eHsKvobqhs le mode d’emploi
La muqueuse des fosses nasales est tapissée de cellules épithéliales qui se détachent très facilement par simple frottis (comme sur l’intérieur des joues, lorsqu’on recueille des cellules pour un test d’identification par l’ADN); ce sont ces cellules qui sont mélangées à l’échantillon et qui pendant la phase de dénaturation libèrent leur ADN qui va contaminer le test.
Force est de constater qu’un résultat positif ne permet pas de préciser si le virus est infectant ou pas. Et plus le temps s’écoule, plus la densité de capsides libres en circulation augmentera. Ce qui explique l’augmentation exponentielle de cas positif depuis le mois d’août.
ATTENTION : le fait que des éléments libres du Sars-CoV-2 circulent ne signifie pas qu’il n’y a pas une recrudescence de l’épidémie en cours, mais plutôt que les véritables problèmes posés par le suivi de cette épidémie sont masqués sous la masse inutiles d’informations erronées. En réalité, la maîtrise du suivi de l’épidémie est inversée par rapport à une bonne approche.
Reportons-nous à mars, avril et mai 2020. Les produits pour effectuer les tests étaient rares, la détection du Sars-CoV-2 par RT-PCR était réservée aux patients présentant des symptômes. Dans ces circonstances, nous pouvions parler de cas confirmés car des symptômes de difficultés respiratoires, de la toux, de la fièvre, des courbatures, de la fatigue inhabituelle, une perte de goût ou d’odorat, des maux de gorge ou de tête étaient confirmés par un test ; ce qui explique que le nombre annoncé quotidiennement de cas confirmés croissaient relativement lentement (par rapport à la fin de l’été 2020).
La fin de l’été et le début de l’automne 2020 voient un nombre annoncé de cas confirmés exorbitants ; comment savoir à quoi est due une telle avalanche de cas : à des coronavirus Sars-CoV-2 intègres et en bon état de marche ou à des débris de Sars-CoV-2 récoltés de-ci de-là ou à des tests incomplets, erronés et déclarés à tort positifs. Certes, un nombres de ces cas deviennent réellement confirmés lors d’une visite au médecin traitant ou une admission à l’hôpital, mais rien n’indique quelles sont les proportions et de se faire une idée exacte des mouvements de propagation de l’épidémie de la Covid-19. Cette incertitude est la source de tant de décisions erratiques dont les raisons sont assez souvent incompréhensibles.
Est-ce qu’il y a une méthode plus sûre pour détecter le Sars-CoV-2 dans un prélèvement ? Apparemment non,
– le prélèvement salivaire est du même ordre que le prélèvement dans une fosse nasale ;
– les tests sérologiques permettent de rechercher si une personne a développé une réaction immunitaire après avoir été en contact avec le SARS-CoV-2, ce test a priori indique bien que le patient a été en contact avec ce virus en bon état de marche mais il ne donne pas de d’information sur la date d’infection (dans certains cas seulement une fourchette assez large) ce qui ne permet pas de suivre l’évolution de l’épidémie. Et ce type de tests n’indique pas si le patient est toujours contaminant.
– l’observation du prélèvement au microscope électronique indiquera la présence de coronavirus mais il n’est pas facile de différencier le Sars-CoV-2 des autres coronavirus. Les exemples présentés ici montrent des vues de coronavirus au microscope électronique, l’une d’entre-elle concerne le Sars-CoV-2 !
Lavez-vous les mains et rincez-les même après utilisation d’un gel hydroalcoolique.
Personnellement, j’ai remplacé le gel hydroalcoolique par un mélange d’un tiers de savon de Marseilles liquide et deux tiers de vinaigre d’alcool de cidre de pommes (c’est juste un peu moins efficace que l’eau de javel mais moins dangereux pour la peau et pour les poumons.) Et je rince mes mains après les avoir lavées.
Et relevez votre niveau de vitamine D (Le calcifédiol, également appelé 25-hydroxyvitamine D3, est le principal métabolite (effecteur) de la vitamine D3.)
Références :
Comment fonctionnent les tests de dépistage du Covid-19 ? Clémence Richetta, maître de conférences au département biologie de l’ENS Paris-Saclay et chercheuse en virologie au LBPA 07/04/2020
PCR inverse ou Reverse Transcriptase PCR – ENS Lyon
Arrêté du 24 juillet 2020 modifiant l’arrêté du 10 juillet 2020
Extraction d’ARN par type d’échantillon
Omniscript Reverse Transcriptase Hanbook
DNA & RNA Extraction & Analysis Videos
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